Chương trình THPT tại Yersin School được thiết kế chuẩn theo khung Bộ GD&ĐT, đồng thời được nâng tầm với phương pháp giảng dạy hiện đại và các hoạt động trải nghiệm thực tế. Học sinh không chỉ học vững kiến thức cốt lõi mà còn được khuyến khích sáng tạo, chủ động khám phá và ứng dụng kiến thức vào đời sống.
Nhà trường chú trọng phát triển toàn diện: từ học thuật, kỹ năng tư duy phản biện, thuyết trình, làm việc nhóm cho đến định hướng nghề nghiệp cá nhân hóa. Bên cạnh đó, tiếng Anh được tăng cường chuyên sâu, giúp học sinh tự tin chinh phục các kỳ thi và sẵn sàng hội nhập quốc tế.